Primeiro foram os índios a viver em torno dos 21 km² de água que formam a Lagoa da Conceição. Prova disso são os sambaquis (amontoados de conchas misturados a outros utensílios) encontrados na Ponta das Almas e na estrada para o Canto dos Araçás. Depois vieram os açorianos para fundar o primeiro núcleo colonial do interior da Ilha.

Em 19 de junho de 1750 foi criada oficialmente a freguesia de Nossa Senhora da Lagoa da Conceição, uma das mais antigas do estado (fonte: Instituto Histórico e Geográfico de Santa Catarina (IHGSC)). Os sinos da capela da Lagoa, situada no morro do Assopra, foram doados pelo imperador Dom Pedro II quando de sua visita em 1845. A freguesia é uma das três mais antigas da ilha de Santa Catarina. Haviam muitos engenhos de cana de açúcar e de mandioca, plantações de milho e café em torno da Lagoa, principalmente na Costa da Lagoa, considerada um dos celeiros da ilha.

A riqueza da região fez com que surgissem muitas construções em estilo colonial português: sobrados e pequenas casas. Mas há também alguns exemplos de arquitetura francesa, no "casarão" que abrigou o equipamento de rádio, situado no centro da freguesia e que hoje aloja um centro de atividades culturais. Curioso é que este casarão era abastecido por uma fonte de água situada no morro, protegida por uma pequena construção que segue exatamente o mesmo estilo arquitetônico.

Na década de 70 os turistas descobriram seus encantos e a Lagoa tornou-se um dos cartões-postais da cidade. Caminho para as ondas do surfe, o lugar virou também parada obrigatória da galera dos esportes radicais. Com a fama, transformou-se em moradia para jovens e pessoas da classe média que começavam a chegar de fora. Hoje, professores, estudantes, comerciantes e profissionais liberais são vizinhos dos antigos moradores. O importante recanto natural e histórico tornou-se o “centro” do Leste da Ilha e uma alternativa para a vida noturna de Florianópolis.